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进入宇宙时代之后，人类开发出了全新的能力——想能/潜能量/创世之力，而一部分人类受到宇宙环境影响，这种能力得到了增强，成为了“新人类”。原教旨主义者奉行原生人类至上的思想，购买了制药财阀开发出的，能够利用想能传播的“模因病毒”，想要借此消灭新人类。但是新人类死前释放的大量想能使得模因病毒产生变异，开始感染原生人类。

为了拯救幸存人类，“方舟计划”开始实行。借助原有的、用于研究灵魂产生的“环界”被改造成了人类的方舟，幸存的人类将自己的灵魂转世进入环界，切断了灵魂和外界模因网络（媒介野）的联系，以此躲避模因病毒。

方舟内同时开始实行“三千世界”计划，在环界主世界，人们的模因网络会实例化成“异世界”，通过模因网络的刺激产生新的灵魂，以此填补人类灵魂的空缺。